Akademia Zamoyska została założona przez Jana Zamoyskiego – jak podaje większość źródeł np. J K Kochanowski, Bazyli Rudomicz – w marcu 1594 r. Wcześniej wielki kanclerz Rzeczypospolitej zamierzał zreformować skostniałą Akademię Krakowską. Jednakże planów tych nie dane mu było zrealizować, gdyż spotkał się z ostrym sprzeciwem profesorów Uniwersytetu Jagielońskiego, wciąż pozostających pod wpływem średniowiecza i nie rozumiejących światłego kanclerza. Właśnie ich postawa miała ogromny wpływ na fakt założenia w hetmańskim grodzie  trzeciego w kraju – właśnie po Krakowie i Wilnie – Uniwersytetu i mogę w tym miejscu powiedzieć nie „ma tego złego coby na dobre nie wyszło” :-). W „Odezwie do Polaków” z okazji otwarcia Uczelni hetman pisał ” Nauki żywiły moja młodość, uprzyjemniały starość, zdobiły pomyślne chwile w senacie, w niewoli były mi ucieczką i pociechą, one kierowały mną na wojnie, dawały rady przy zawieraniu układów i przymierzy (…) Jan Zamoyski zajmował się wszystkim co dotyczyło Akademii, pomagał w doborze profesorów, układał program nauczania, oparty w ogromnej mierze na Arystotelesie i Cyceronie, także św. Augustynie i  Platonie,  dla biednych scholarów zapewniał darmowe miejsca w bursie, dobierał nawet odpowiednią trzcionkę w drukowanych książkach, jeśli tylko był w Zamościu uczestniczył w egzaminach. Natomiast podczas długich wypraw wojennych kazał sobie wysyłać prace studentów, które gorliwie w obozie  sprawdzał, nanosił cenne  dla studentów uwagi i do Zamościa odsyłać kazał .

Na koniec jeszcze krótka historia profesora prawa rzymskiego, które oczywiście ( jak i inne przedmioty) wykładane było po łacinie, według kodeksu Justyniana. Wykłady prowadził bardzo osobliwy człowiek, Szkot dr Brusius, który wiele lat studiował w Rzymie i cieszył się w hetmański grodzie dużym poważaniem. Był jednak osobą, która stroniła od ludzi i często powiadała, że nie nie jest w stanie znieść myśli o śmierci  w łożu boleści a nie na polu chwały. Profesor długo prosił, wręcz błagał fundatora Akademii aby ten uzyskał dla niego miejsce …w szkockim wojsku. Wreszcie hetman, po listownej interwencji  u króla szkockiego Jakuba otrzymał do niego powołanie  i dr Brusius mógł zginąć od cięcia szablą a nie na skutek choroby serca i tęsknoty za wojaczką.